В края на 1996 година в БАФ членуват 24 клуба от цялата страна, като инструкторите са защитили своите “дан” степени пред оторизирани японски майстори (шихани) от Айкикай. Притежателите на първи дан са над 20, втори дан – 10 айкидоки, а председателят на БАФ Георги Иванов е с трети дан, защитен при Фуджита Сенсей. На 1.12.1996 г. при трагични обстоятелства сенсей Георги Иванов загива при автомобилна катастрофа. При този инцидент смъртта си намират по-големият син на сенсей Иванов и двама млади айкидоки, ученици от Айкидо клуб “Айкикен”, гр. Русе. Загубата е не само за Българската и Европейската Федерация – целият айкидо свят е в траур. По това време вече се говори за Българска методология в преподаването на Айкидо. На извънредния конгрес на 8.02.97 г. щафетата поемат първите ученици на Сенсей Георги Иванов.

За кратко време загубените контакти в страната и организацията са възстановени и новото ръководство на Федерацията започва усилена работа в три основни направления-директни контакти с Япония, финансиране на нови Айкидо изяви и създаване на нови доджо-зали в страната и чужбина. Резултатите не закъсняват и на 21.03.97 в България пристига официална делегация от Хомбу-доджо. Десет японски майстори под ръководството на Шоджи Секи Сенсей (7 дан, Шихан) провеждат 3-дневен семинар, придружен от демонстрация в Националния Дворец на Културата. В края на семинара на Сенсей Георги Иванов посмъртно се присъжда 4-ти дан.

След получаване на запитване от Македония, на 03.04.97, на проучваща командировка в Скопие, заминават двама инструктори от БАФ. Условията се оказват благоприятни и в Скопие се поставят основите на ново доджо. 20 дни по-късно, на Общо събрание на делегатите на БАФ, Айкидо клуб “АЙКИКАЙ СКОПИЕ” е приет за редовен член на Федерацията.

След целенасочена работа в цялата страна на 22.05.97 в София се провежда Общо събрание на делегатите от всички Айкидо клубове в България. Приема се нов Управителен съвет, Техническа комисия и се ратифицира членството на нови Айкидо клубове от страната и чужбина. По същото време от Световната Айкидо Федерация пристига покана за участие в Световните игри на неолимпийските спортове – Лахти”97. Точно преди заминаването за Финландия, на 03.08.97 в България пристига за семинар и провеждане на изпити за майсторски (дан) степени, Масатаке Фуджита Сенсей (8 дан, Шихан) – технически отговорник за България. На 12.08.97 за Финландия заминава 9 членна делегация, която взима участие не само в Игрите на неолимпийските спортове, но и в семинар на Моритеру Уешиба Сенсей (Доджо-чо, а понастоящем – Дошу) – внук на Морихей Уешиба…

На 02.12.97 Масатаке Фуджита Сенсей, Артур Бакас Сенсей и представители на БАФ извършват поклонение пред гроба на създателя на Българска Айкидо Федерация, а на 04.12.97 отново в Националния Дворец на Културата се провежда Айкидо демонстрация в памет на Георги Иванов Сенсей. За демонстрацията и съпътстващия я семинар пристигат представители от всички Айкидо клубове в страната.

Създава се и се излъчва по националната телевизия документален филм за живота и делото на Сенсей Иванов, в който взимат участие представители на почти всички бойни изкуства в България.
Още от самото начало на 1998 година БАФ започва публичните си изяви с организирането и провеждането на Будо-гала в морската столица на България – Варна. Участие в тази най-голяма демонстрация на бойни изкуства взимат представители от всички школи в страната. Чудесният отзив сред зрителите и масмедиите е главната причина този фестивал да стане традиционно събитие, откриващо всяка година Будо живота в България.

На 04.06.98 от Япония пристигат Хироши Исояма Сенсей (Шихан, 8 дан), Хидео Йонемочи Сенсей (Шихан, 8 дан) и придружаващият ги Йошинобу Ирие (4 дан), за да проведат няколкодневен семинар. Успоредно с това се провежда презентация на Айкидо в Националната Спортна Академия. Създаването на следдипломна квалификация към този ВУЗ е първата крачка към издигането на Айкидо в България на академично ниво.

На 11.07.98 в България пристига техническия директор на БАФ, Масатаке Фуджита Сенсей, за провеждане на лятно айкидо училище и изпити за майсторски степени. Практиката и разговорите с Фуджита Сенсей и придружаващия го Бакас Сенсей изясняват проблема със статута на БАФ и неизбежно съществуващите алтернативни Айкидо организации в страната. На тези разговори се уточняват подробностите за предстоящият през декември 1998 Симпозиум “Айкидо и енергия” за страните от Източна Европа – съвместна инициатива на БАФ и Фондацията за подпомагане на Айкидо в Европа. За съжаление, вследствие на зародили се организационни проблеми симпозиумът не се състой.

Поради различия във възгледите през 1998-1999г. се появят противоречия между ръководството и членовете на БАФ, които довеждат до създаването на Национален Айкидо Съюз в началото на 1999г., а през 2000г. няколко клуба от БАФ учредяват Иуама Рю Айкидо – България. Периодът 2000-2004г. е много динамичен за БАФ. Привличането на нови членове в Управителния съвет на БАФ довежда до стабилизиране на положението и решаването на съществуващите проблеми. Изгражда се изцяло нова политика на организацията. Подновяват се контактите с Хомбу-доджо, в резултат на което Сенсей Хироши Исояма (8 дан) посещава България отново през юни 2000г.(и 2002 г.) и на проведения извънреден конгрес на БАФ бива избран за Почетен председател. Месец по-късно Сенсей Исояма представя България на конгреса на ИАФ в Токио, Япония. През 2000-2004 г. се провеждат множество семинари с майстори като Исояма Сенсей, Йокота Сенсей, Каназава Сенсей, Кобаяши Сенсей, Фуджита Сенсей, Тери Езра Сенсей, Фуджимаки Сенсей, Минегиши Сенсей и др. През месец септември 2004 г. БАФ взема дейно участие в конгреса на ИАФ, проведен в Токио.Същия месец техническата комисия на БАФ в лицето на Хр. Михайлов и Ал.Алексиев е на специализация в Хомбу-доджо и Ибараки-доджо, където са представени пред цялата айкидо общност в Япония за лични ученици на Исояма Сенсей, който в момента е и пазител на храма в Ивама. В края на месец септември на посещение в Италия (по случай 40г. Айкикай-Италия), както и участие в семинар с Дошу М. Уешиба, е изпратена 6-членна делегация от БАФ, която е приета и на кратка аудиенция при Моритеро Уешиба. Още едно събитие от голямо значение за БАФ е получаването на лиценз на организацията през месец Септември 2004г. В момента БАФ е единствената лицензирана организация в страната.